Eu mesmo usaria o Hyper-V (especialmente se o 3.0), desde que o MSFT verifique se a sua versão do Ubuntu será executada como uma VM ...
Veja o link para o Hyper-V no W2008 [R2 ] Compatibilidade de convidado Linux (Não é possível encontrar o mesmo tipo de artigo para o Hyper-V em 2012, mas esperamos que em breve haja um)