Já tentou reiniciar o seu servidor web e o php-fpm? Não é um ciclo de energia, apenas matando o apache / nginx & php-fpm, em seguida, reiniciar seus daemons.
Para sistemas baseados em Debian, seria:
service php5-fpm restart
service apache2 restart
Além disso, o seu visualizador de recursos como o topo é estranho, eu estava esperando top simples. Não é grande coisa. Mas ... isso é só eu ser exigente.