Nós temos uma configuração similar (embora estejamos trabalhando com Tomcat e Grails ao invés de nginx e RoR). Nós criamos userids individuais para cada instância do Tomcat. Nós definimos os diretórios home para Java, Grails e quaisquer outras bibliotecas dependentes no .profile para o usuário como variáveis de ambiente, para que cada Tomcat possa ser executado com qualquer versão que tenhamos instalado.
O usuário userid pelo nosso software de implementação automatizado (Atlassian Bamboo) é um membro do grupo atribuído a cada um dos diretórios do Tomcat.