Parece que você esqueceu de considerar o superbloco md: "O tamanho disponível de cada dispositivo é a quantidade de espaço antes do super bloco, então entre 64K e 128K é perdido quando um dispositivo é incorporado a um array MD" ( link ) 0.12 GiB tem cerca de 128KiB.
Como o / dev / sda5 tem 12 PE (48 MiB) livres, você pode reduzi-lo com o pvresize. Eu faria um backup primeiro.