Recentemente encontrei esse problema ao atualizar o Lubuntu 12.04 para 13.04, embora eu (talvez tolamente) tivesse criado uma nova conta de usuário com o mesmo nome, mas com uma senha diferente. Eu tive que fazer o login no TTY1 com minha nova senha e executar o ecryptfs-mount-private usando a senha antiga antes que eu pudesse entrar.
Não tenho certeza se isso ajudaria no seu caso, mas foi possível corrigir o problema reconvertendo a senha ( source ):
ecryptfs-rewrap-passphrase /home/.ecryptfs/$USER/.ecryptfs/wrapped-passphrase
Depois de fazer isso, não tenho problemas com a minha assinatura ausente do chaveiro; Eu posso simplesmente fazer o login através da GUI sem qualquer aborrecimento.
Espero que ajude!