Você não está usando o módulo de upload corretamente. Na documentação do módulo de upload :
The module parses request body storing all files being uploaded to a directory specified by upload_store directive. The files are then being stripped from body and altered request is then passed to a location specified by upload_pass directive, thus allowing arbitrary handling of uploaded files. Each of file fields are being replaced by a set of fields specified by upload_set_form_field directive. The content of each uploaded file then could be read from a file specified by $upload_tmp_path variable or the file could be simply moved to ultimate destination.
O módulo de upload cuida do upload real dos dados do arquivo, mas passa o controle para outro local (que você fornece), que cuida do processamento real dos dados carregados. O arquivo 0000000004
é temporário - se você quiser armazenar permanentemente os arquivos enviados, deverá fornecer um script que mova esse arquivo temporário para o local final. Você pode nomear o arquivo como quiser nesse script.