Os arquivos de configuração do Nginx têm uma diretiva include
, para que você possa fazer algo parecido com isso no arquivo de configuração em que suas regras de reconfiguração residem atualmente:
include /srv/http/path/to/somefile.nginx;
Em seguida, configure um cronjob como root para fazer um reload /etc/init.d/nginx - ou qualquer maneira que seus scripts de inicialização recarreguem as configurações do nginx - a cada 15 minutos ou a cada hora.
Se o seu único problema em ter arquivos de configuração onde eles deveriam estar é editá-los com o vim, você também pode usar o sshfs no linux ou o winscp no Windows para efetuar login via SFTP ou SCP e editar arquivos de configuração em / etc com o seu editor de GUI favorito.