Você deve manter os usuários sincronizados entre os nós da Web, dessa forma você poderá compartilhar dados entre eles sem problemas de propriedade.
Como normalmente os web workers são todos clones de um único modelo, você deve simplesmente criar um script que execute um arquivo rsync over passwd e group.
como nota lateral, você sempre pode alterar o usuário que é usado pelo apache, mesmo por site, usando um módulo do apache como o mod_itk.