O Chrome normalmente adiciona " link ." Se você digitar "domain.com", presumo que a solicitação vá para "www.domain.com", que é um host diferente de domain.com quando você estiver usando NameVirtualHost.
Então, sugiro adicionar a seguinte linha à sua configuração:
ServerAlias www.domain.com
De couse você tem que reiniciar o apache2 ou pelo menos você deve recarregar a configuração!
Editar (22:43, hora local): esta resposta assume que todos os arquivos de certificado são válidos e acessíveis!