Acontece que a propriedade ImapDeleted estava sendo definida em todos os emails recebidos pela caixa de correio e estava simplesmente persistindo quando os emails foram encaminhados. Depois de mover a caixa de correio para outro banco de dados, o problema foi encerrado e pudemos usar o OutlookSpy para percorrer os emails que tinham a propriedade definida e removê-la.
Como o problema começou depois de mover a caixa de correio & parou depois de mover a caixa de correio novamente, suspeitamos que alguma forma de caixa de correio ou corrupção da conta do AD foi a causa raiz.