É provavelmente porque o kernel na AMI suporta ext2 e ext3 por padrão, mas não ext4. Eu tentaria criar uma nova instância e montar o volume que não inicializa. Eu aposto que é ext4. Nesse caso, provavelmente a maneira mais rápida de voltar a funcionar é copiar dados desse volume para um novo.
Sempre uso instâncias do Amazon Linux e sempre escolho o kernel padrão. Eu não tenho sido mordido por isso, mas você me faz pensar sobre quando devo documentar o ID do kernel. Espero que isso ajude.