Finalmente encontrei a resposta para o meu problema.
Tivemos uma regra geral de htaccess para todos os 404 que foram redirecionados para o índice
O SVN aparentemente usa erros 404 (não encontrados) para adicionar novos recursos. Assim, o 404 redirecionou o svn para o root.Você deve permitir que este passe através de, em vez de fazer um redirecionamento, ou o svn ficará confuso.