Latência do site e pacotes tcp incorretos

Question

Eu tenho vários sites hospedados em um Linode VPS e estou tendo um problema com um deles: cada página que eu tento carregar tem cerca de 10 segundos de latência.

Os logs do Apache estão limpos e os outros sites na mesma máquina estão funcionando bem.

À primeira vista, pensei que era um problema de memória, já que o VPS tem apenas 512M, mas a CPU do painel de instrumentos e a E / S do disco são normais.

De qualquer forma, aqui temos o status do ram:

$ free -m
         total       used       free     shared    buffers     cached
Mem:           487        463         23          0          2         55
-/+ buffers/cache:        404         82
Swap:          255        155        100

Apenas 23 milhões gratuitos, mas se fosse um problema de memória, por que outros sites estão indo normalmente?

Eu fiz uma captura ao vivo com o wireshark, e há alguns pacotes SYN ACK duplicados antes da diferença de 10 segundos.

Estou sem ideias, procurando algumas pistas.

Captura ao vivo do Wireshark

Como você pode ver na imagem, a diferença é após o último tcp ruim.

Obrigado antecipadamente.

UPDATE

Eu verifiquei os logs do Apache2 no nível de erro de depuração, e é aí que algo está aparecendo:

151.97.156.191 - - [14/Nov/2012:11:19:40 +0100] [www.fmaisi.it/sid#7f32c625a220][rid#7f32c6801578/subreq] (3) [perdir /home/fmaisi/sites/www.fmaisi.it/public_html/] applying pattern '^index\.php$' to uri 'index.php'
151.97.156.191 - - [14/Nov/2012:11:19:40 +0100] [www.fmaisi.it/sid#7f32c625a220][rid#7f32c6801578/subreq] (1) [perdir /home/fmaisi/sites/www.fmaisi.it/public_html/] pass through /home/fmaisi/sites/www.fmaisi.it/public_html/index.php
151.97.156.191 - - [14/Nov/2012:11:19:54 +0100] [www.fmaisi.it/sid#7f32c625a220][rid#7f32c6537c78/initial] (3) [perdir /home/fmaisi/sites/www.fmaisi.it/public_html/] strip per-dir prefix: /home/fmaisi/sites/www.fmaisi.it/public_html/wp-content/plugins/wp-filebase/wp-filebase_css.php -> wp-content/plugins/wp-filebase/wp-filebase_css.php
151.97.156.191 - - [14/Nov/2012:11:19:54 +0100] [www.fmaisi.it/sid#7f32c625a220][rid#7f32c6537c78/initial] (3) [perdir /home/fmaisi/sites/www.fmaisi.it/public_html/] applying pattern '^index\.php$' to uri 'wp-content/plugins/wp-filebase/wp-filebase_css.php'

Como você pode ver, há um intervalo de 14 segundos após o passar de index.php. Alguma sugestão? Estou sem ideias novamente.