Instalou um software antigo do Centro de Software. Versão mais recente disponível em outro lugar. Como atualizar?

Question

Sou novo no Ubuntu, acabei de instalar o 13.04 em uma máquina dedicada.

Eu quero atualizar para as versões mais recentes de software científico, nomeadamente Bowtie, Tophat e Samtools, mas não consigo descobrir como as versões mais recentes não estão disponíveis no centro de software. Estes softwares são apenas linha de comando pelo caminho.

Vou pegar o Bowtie como exemplo. Eu o instalei no Ubuntu Software Center, mas é uma versão antiga. Eu, portanto, baixei a última versão do site do desenvolvedor e descompactei o pacote pré-compilado no meu diretório pessoal. O centro de software instalou a versão antiga em / usr / bin / e alguns arquivos em outros locais, como / usr / share / doc / e / usr / share / man / man1 /. Meu entendimento é que ter o binário em / usr / bin / o torna disponível para todos os usuários e permite chamá-lo da linha de comando sem ter que digitar o caminho completo. Então, para atualizar o software, eu sobrescrevo o binário em usr / bin / e os outros arquivos em outro lugar com as versões mais recentes? Isso parece muito estranho para mim. Eu suspeito que deve haver algum comando do Linux para atingir esse objetivo, mas não consigo encontrá-lo.

Obrigado a todos pela sua ajuda.

    

Answer 1

Você nunca deve sobrescrever arquivos em /usr - eles são gerenciados pelo gerenciador de pacotes do Ubuntu e modificar arquivos manualmente por trás do Ubuntu levaria a problemas (por exemplo, o Ubuntu irá sobrescrever suas mudanças quando uma versão atualizada do pacote aparecer no repositórios).

Como Bruno Pereira diz, as maneiras de instalar cada aplicativo podem ser diferentes, no entanto, existem alguns locais comuns:

• você pode instalar seu aplicativo personalizado em /usr/local
• você pode instalar seu aplicativo em um subdiretório de /opt - digamos, /opt/bowtie - e incluir o último diretório em PATH
• se você precisar apenas do aplicativo para um usuário, poderá mantê-lo em seu diretório pessoal - se você criar um diretório chamado bin em seu diretório inicial e colocar um link simbólico no binário do aplicativo, você poderá execute o aplicativo simplesmente digitando o nome do aplicativo no terminal

(você também pode querer ter certeza de que removeu completamente as versões do aplicativo fornecidas pelo Ubuntu para minimizar a chance de executar a versão errada acidentalmente)

    

Answer 2

Você pode atualizar todo o seu software no seu sistema Ubuntu assim:

sudo apt-get update && sudo apt-get upgrade

ou

sudo apt-get install bowtie

Você pode usar o install, ele verificará a versão mais recente.

Espero que isso ajude