Bem, em primeiro lugar, os Jumbo Frames são muito úteis na rede iSCSI, mas principalmente se você estiver usando iniciadores de software ou destinos de software (ou ambos).
Sua rede iSCSI continuará funcionando mesmo se os quadros forem menores (1500 bytes). O que você notará é que, com quadros menores, o uso da CPU no lado do iniciador e no lado do destino será maior do que se os Jumbo Frames forem usados.
Então, se você mudar o seu switch para um dedicado com Jumbo Frames ativado em breve, você pode simplesmente esperar.
Por outro lado, acredito que sua suposição está correta de que sua LAN regular não será afetada.