Tudo funcionou bem há alguns dias. Eu acho que tudo funcionou perfeitamente até eu tentar criar uma AMI dessa instância do EC2. aparece que a tentativa de criação fez com que o servidor não respondesse, então parei esse processo e reiniciei o servidor. É o Windows Server 2008 R2, executando 6 sites ASP e 6 sites PHP. Todos os sites PHP são idênticos, todos os sites ASP são idênticos.
Em alguns sites, eles são carregados rapidamente e sem incidentes. Alguns deles colocam o W3WP em 100% e eles simplesmente não carregam, eventualmente lançando um erro 500 e atualizações subseqüentes dizem que o site não está disponível. (Às vezes - eu apenas tentei novamente e não tenho erros indisponíveis, mas ainda tenho 500 após o tempo limite do servidor)
Nada disso faz sentido para mim, todos devem carregar o mesmo e não devem ter sido afetados por nada disso. Qualquer ideia seria ótima!
O problema era que a configuração do IIS revertia e colocava alguns sites PHP em ASP, e todos os sites ASP não estavam funcionando. O ASP não estava funcionando porque os dados que ele esperava encontrar no MySQL não estavam lá, de alguma forma a configuração do SQL foi corrompida também. Então, basicamente, meu problema era que eu precisava reconfigurar o SQL para que o ASP fosse carregado e reconfigurar o IIS para apontar meus sites php para php.