O proxy AJP só deve receber solicitações definidas em seu arquivo conf AJP e encaminhar essas solicitações para o Tomcat, é o que um proxy faz.
Em outras palavras, quando uma solicitação chega para index.jsp, por exemplo, o arquivo * .jsp é configurado para ser enviado por AJP. Nesse ponto, o Apache abre uma conexão e envia uma solicitação AJP para o Tomcat, que então renderiza e retorna o arquivo index.jsp, depois o Apache simplesmente o envia ao cliente.
Se o PHP for executado no servidor Apache e você não tiver forçado todos os pedidos a irem para o Tomcat, qualquer pedido de index.php deverá ser simplesmente devolvido pelo seu servidor Apache. Portanto, no que diz respeito ao seu aplicativo Java, uma solicitação de index.php não é algo que esteja preocupado com o carregamento, dependendo da sua implementação, é claro. Se você estiver simplesmente usando os métodos de carregamento do jQuery, o cliente fará a chamada para o aplicativo PHP que o Apache então renderiza. Independentemente disso, não há muito, se você tiver que fazer algo além de verificar seus arquivos conf AJP.