Você só precisa adicionar uma string variável a fastcgi_cache_key
que representa o ID do usuário. Algo como:
set $user_key 0;
if ($cookie_userid != "") { // you set cookie "userid" via your app
set $user_key $cookie_userid;
}
fastcgi_cache_key $user_key$scheme$host$uri$args;
Dessa forma, todos os usuários anônimos receberão $user_key = 0
e o restante de seus usuários terá sua própria versão em cache de cada página.
Dependendo do seu tráfego, isso pode ser pesado em qualquer armazenamento que você escolher, pois você estará economizando toneladas de páginas duplicadas com (talvez?) pequenas personalizações.