Tente isto:
# Handle the version-including requests first..
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^api\..*
RewriteRule ^v([\d\.]*)/([^/]*)$ ?version=$1&domain=$2 [L]
# ..then catch requests that don't include a version.
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^api\..*
RewriteRule ^([^/]*)$ ?version=&domain=$1 [L]
Isso pode ser feito em um único regex, mas é muito mais legível assim.