Este é um ponto extremamente fraco no Ubuntu e no Linux em geral!
O PDFedit é buggy e não é adequado para usuários finais. É engenharia de pdf e talvez o desenvolvimento tenha sido interrompido há muito tempo.
O Xournal é mais parecido com o desenho.
O Scribus importa o pdf, como outros programas, como o Inkscape, o Gimp etc. Mas isso não é o mesmo, como marcar rapidamente algumas frases.
Bem, eu nunca consegui fazer o Okular funcionar. Recusa-se a instalar. Talvez você possa obtê-lo e ofereça o que você precisa, mas ele instalará muitos serviços do KDE em seu Desktop.
Eu usei o Foxit with Wine, que foi durante muito tempo a única solução para criar um Index decente em arquivos pdf. Mas da última vez eu tive um erro após uma atualização de versão. Se você realmente tiver que fazer uma leitura hardcore de pdf, então o Virtualbox com Acrobat ou Foxit Reader pode ser a solução.