Descobri isso sozinho ao ler este documento .
O que eu fiz foi:
- Descompacte
youtrack-4.0.2.jarem uma pasta. - Acesse
WEB-INFe abra o arquivoweb.xml - Substitua as referências de
${user.home}por${youtract.data.dir}ones - Reembale o conteúdo no
youtrack-4.0.2.jare use esse arquivo para executar a instalação.