Descobri isso sozinho ao ler este documento .
O que eu fiz foi:
- Descompacte
youtrack-4.0.2.jar
em uma pasta. - Acesse
WEB-INF
e abra o arquivoweb.xml
- Substitua as referências de
${user.home}
por${youtract.data.dir}
ones - Reembale o conteúdo no
youtrack-4.0.2.jar
e use esse arquivo para executar a instalação.