I need to modify
locationto/folder/index.php?file=xWhere x can be an string (e.g 7fe8j)
A resposta curta é que você não pode.
A diretiva limit_conn só funciona em http , server , location context. E a diretiva location só coincide com o URI ( /folder/index.php ) sem parâmetros de consulta ( ?file=x ).