De man rsync
:
--ignore-existing skip updating files that exist on receiver
--update
faz algo um pouco diferente, e é provavelmente por isso que você está obtendo resultados inesperados. Novamente, de man rsync
:
This forces rsync to skip any files which exist on the destination and have a modified time that is newer than the source file. (If an existing destination file has a modification time equal to the source file's, it will be updated if the sizes are different.)