Parece que você precisa disso:
move-window [-rdk] [-s src-window] [-t dst-window] (alias: movew) This is similar to link-window, except the window at src-window is moved to dst-window. With -r, all windows in the session are renumbered in sequential order, respecting the base-index option.
Chamar movew
sem parâmetros move a janela atual para a primeira posição livre. movew -r
irá renumerar todas as janelas de uma só vez.