O comando find é a principal ferramenta para operações recursivas do sistema de arquivos.
Use a expressão -type d para informar ao find que você está interessado em encontrar diretórios apenas (e não em arquivos simples). A versão GNU de find suporta o teste -empty , então
$ find . -type d -empty -print
imprimirá todos os diretórios vazios abaixo do seu diretório atual.
Use find ~ -… ou find "$HOME" -… para basear a pesquisa em seu diretório pessoal (se não for seu diretório atual).
Depois de verificar se está selecionando os diretórios corretos, use -delete para excluir todas as correspondências:
$ find . -type d -empty -delete