Regra geral, pelo menos em sistemas com sabor do Debian:
-
/usr/localpara material que é "todo o sistema", por exemplo./usr/localtende a estar em um padrão de distribuição$PATHda distribuição e segue uma hierarquia de diretório padrão do UNIX com/usr/local/bin,/usr/local/lib, etc. -
/optpara itens em que você não confia para fazer todo o sistema, com prefixos por aplicativo, ou seja,/opt/firefox-3.6.8,/opt/mono-2.6.7e assim por diante. O material aqui requer um gerenciamento mais cuidadoso, mas também é menos provável que quebre o sistema - e é mais fácil de remover, já que você acabou de excluir a pasta e desapareceu.