Economizar espaço para processos importantes da raiz (e possíveis ações de resgate) é um dos motivos.
Mas há outro. O Ext3 é muito bom em evitar a fragmentação do sistema de arquivos, mas quando você fica acima de 95%, esse comportamento cai do precipício e, de repente, o desempenho do sistema de arquivos torna-se uma bagunça. Então, deixar 5% de reserva dá a você um buffer contra isso.
Ext4 deve ser melhor nisso, como explicado pelo desenvolvedor / guru do sistema de arquivos Linux Theodore Ts 'o :
If you set the reserved block count to zero, it won't affect performance much except if you run for long periods of time (with lots of file creates and deletes) while the filesystem is almost full (i.e., say above 95%), at which point you'll be subject to fragmentation problems. Ext4's multi-block allocator is much more fragmentation resistant, because it tries much harder to find contiguous blocks, so even if you don't enable the other ext4 features, you'll see better results simply mounting an ext3 filesystem using ext4 before the filesystem gets completely full.
If you are just using the filesystem for long-term archive, where files aren't changing very often (i.e., a huge mp3 or video store), it obviously won't matter.