Você precisa executar o comando scp da máquina local, não do controle remoto. Você não precisa do ssh :
dragonmnl@local $ scp -P 2222 file.ext username@domain:~/
Você também não precisa do -r :
-r Recursively copy entire directories.
Se você já estiver logado na máquina remota e quiser copiar do seu local, será necessário garantir que sua máquina local esteja acessível pela Internet e tenha ssh configurado. Eu não acho que isso é o que você está depois, mas se for, basta executar isso a partir do controle remoto:
username@domain $ scp dragonmnl@local:/path/to/file.ext ~/