fdupes pode fazer isso. De man fdupes :
Searches the given path for duplicate files. Such files are found by comparing file sizes and MD5 signatures, followed by a byte-by-byte comparison.
No Debian ou no Ubuntu, você pode instalá-lo com apt-get install fdupes . No Fedora / Red Hat / CentOS, você pode instalá-lo com yum install fdupes . No Arch Linux você pode usar pacman -S fdupes , e no Gentoo, emerge fdupes .
Para executar uma verificação descendente da raiz do sistema de arquivos, o que provavelmente levará uma quantidade significativa de tempo e memória, use algo como fdupes -r / .
Conforme solicitado nos comentários, você pode obter as maiores duplicatas fazendo o seguinte:
fdupes -r . | {
while IFS= read -r file; do
[[ $file ]] && du "$file"
done
} | sort -n
Isso será interrompido se seus nomes de arquivo contiverem novas linhas.