Geralmente é usado como uma maneira rápida e suja de fornecer respostas para um script interativo:
yes | rm -r large_directory
não perguntará sobre qualquer arquivo removido. É claro que, no caso de rm , você sempre pode fornecer -f para fazer com que ele remova a remoção do diretório, mas nem todas as ferramentas são tão complacentes.
Atualizar
Um exemplo mais relevante disso que me deparei recentemente é quando você está fsck em um sistema de arquivos e não quer se incomodar em responder y quando solicitado antes de corrigir cada erro:
yes | fsck /dev/foo