Eu tive o mesmo problema ...
Você precisa incluir SSLProtocol all -SSLv2 -SSLv3
dentro de cada sub-rotina do VirtualHost em httpd.conf
As sub-rotinas do VirtualHost são geralmente no final do arquivo httpd.conf. Então, por exemplo:
...
...
<VirtualHost your.website.example.com:443>
DocumentRoot /var/www/directory
ServerName your.website.example.com
...
SSLEngine on
...
SSLProtocol all -SSLv2 -SSLv3
...
</VirtualHost>
Verifique também o ssl.conf ou o httpd-ssl.conf ou similar, porque eles podem ser definidos lá, não necessariamente no httpd.conf