Parece que você tem muito mais arquivos do que a expectativa normal.
Eu não sei se existe uma solução para alterar o tamanho da tabela de inodes dinamicamente. Eu tenho medo que você precise fazer backup de seus dados, criar um novo sistema de arquivos e restaurar seus dados.
Para criar um novo sistema de arquivos com uma enorme tabela de inode, você precisa usar a opção '-N' do mke2fs (8).
Eu recomendaria usar a opção '-n' primeiro (que não cria o fs, mas exibe as informações úteis) para que você possa obter o número estimado de inodes. Então, se você precisar, use '-N' para criar seu sistema de arquivos com números de inode específicos.