O rsync sempre usa somas de verificação para verificar se um arquivo foi transferido corretamente. Se o arquivo de destino já existir, o rsync pode pular a atualização do arquivo se o horário e o tamanho da modificação corresponderem ao arquivo de origem, mas se o rsync decidir que os dados precisam ser transferidos, as somas de verificação serão sempre usadas nos dados transferidos entre o envio e recebimento de processos de rsync. Isso verifica se os dados recebidos são os mesmos que os dados enviados com alta probabilidade, sem a sobrecarga pesada de uma comparação de nível de byte na rede.
Quando os dados do arquivo são recebidos, o rsync grava os dados no arquivo e confia que, se o kernel indicar uma gravação bem-sucedida, os dados foram gravados sem danos no disco. O rsync não releia os dados e compara com a soma de verificação conhecida como uma verificação adicional.
Quanto à própria verificação, para o protocolo 30 e posteriores (primeiro suportado em 3.0.0), o rsync usa MD5 . Para protocolos mais antigos, a soma de verificação usada é MD4 .
Embora seja considerado obsoleto para hashes criptográficos seguros, o MD5 e o MD4 permanecem adequados para verificar a corrupção do arquivo.
Fonte: a man page e olhando o código-fonte do rsync para verificar.