Da discussão no bug linkado no answer .. você pode se livrar desses arquivos usando o cliente do console PackageKit pkcon
$ sudo pkcon refresh force -c -1
Demora algum tempo, mas é fornecido pelo próprio PackageKit. (e você pode definir um cron job para isso)
da página man do pkcon (1)
refresh [force]
Refresh the cached information about available updates.
e
-c, --cache-age AGE
Set the maximum acceptable age for cached metadata, in seconds. Use -1 for 'never'.
Portanto, isso diz ao PackageKit para excluir informações armazenadas em cache (atualizar informações em cache com idade máxima aceitável de: never)
Referências: