Aqui estão algumas sugestões sobre como entender o "espírito" do Unix, além das ótimas recomendações que foram feitas nos posts anteriores:
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"O Ambiente de Programação Unix", de Kernighan e Pike: um livro antigo, mas mostra a essência do ambiente Unix. Ele também ajudará você a se tornar um usuário efetivo do shell.
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"Unix for the Impatient" é um recurso útil para aprender a navegar no ambiente Unix. Um dos meus favoritos.
Se você quer se tornar um usuário avançado, não há nada melhor que o "Unix Power Tools" da O'Reilly, que consiste nas dicas e truques coletivos dos profissionais do Unix.
Outro livro que eu não vi mencionado que é uma luz divertida e leitura de educação é o "Sistemas Operacionais, Design e Implementação", o livro de Andy Tanenbaum que incluiu o código-fonte para um sistema operacional Unix completo em 12k linhas de código.