O OpenSSH é a implementação padrão do protocolo SSH. Se PuTTY e OpenSSH forem diferentes, o PuTTY é o incompatível.
Se você gerar uma chave com o OpenSSH usando ssh-keygen
com as opções padrão, ela funcionará virtualmente com todos os servidores existentes. Um servidor que não aceita tal chave seria antiquado, usando uma implementação diferente do SSH, ou configurado de maneira estranha e restritiva. Chaves de um tipo não padrão podem não ser suportadas em alguns servidores, em particular as chaves ECDSA tornam o estabelecimento da sessão um pouco mais rápido, mas são suportadas apenas por versões recentes do OpenSSH.
O PuTTY usa um formato de arquivo de chave diferente. Ele vem com ferramentas para converter entre seu próprio formato .ppk
e o formato do OpenSSH.
Este ssh-3.2.9.1 que você encontrou é um produto comercial que tem sua própria chave privada diferente formato. Não há razão para usá-lo em vez do OpenSSH, ele só pode ser menos compatível, requer pagamento e não há nenhum tutorial sobre como usá-lo.