All the other directories under root
seem to be exactly what one would
guess them to be,
Existe também / var, / mnt e / opt;)
but these two seem
odd, I would have always guessed them
as user and temp.
Quase lá. Como disse Shawn, "user" significa "Universal System Resources" (embora outros recursos de acordo com o google indiquem que significa "Unix System Resources").
Is there some historical reason for the spellings?
Atalhos, abreviaturas. Lembre-se de que os comandos em qualquer sistema operacional servem para acessar interativamente e de forma programática. Em particular, para administração de sistemas em que a codificação rápida é uma preocupação principal, abreviações, mnemônicos são tão boas (ou até melhores) do que a palavra / comando com a ortografia completa.
Além disso, no passado, se você estivesse se conectando remotamente através de um modem lento, raspar algumas vogais aqui e ali facilitaria a sua vida (ou menos infeliz se você fosse um administrador de sistemas tentando descobrir o que está errado com uma caixa remota.)
Como dito antes, não é exclusivo para / usr e / tmp (veja / var, / mnt e / opt).
Além disso, não é exclusivo do Unix. Tome o DOS, por exemplo (chkdsk, por exemplo). Mnemônicos onde você raspa as vogais são um conceito poderoso e útil.
Mesmo em linguagens naturais (como as línguas semíticas) existe o conceito (onde a raiz das palavras é universal e quase inequivocamente identificada por grupos de 3 consoantes.) É um mecanismo humano inato para o gerenciamento da informação.