Não parece possível fazer com que o Kile (ou qualquer aplicativo do KDE) se comporte como você deseja.
Os aplicativos Gtk, como o Gedit, se comportam como você deseja. Os atalhos de teclado mudam de acordo com o teclado selecionado. Eles funcionam dessa maneira, seja no Unity ou no KDE.
Os aplicativos do KDE, ao contrário, não alteram os atalhos do teclado quando você altera o layout do teclado. Em vez disso, eles manterão os atalhos alinhados com a configuração de idioma do sistema. Eles funcionam dessa maneira, seja no KDE ou no Unity. Não consegui encontrar nenhuma configuração ou método de configuração no KDE para alterar este comportamento.