Bem, a resposta a essa pergunta é surpreendente, e não consigo explicar por que a solução a seguir funciona, mas, na verdade, ela funciona!
Não é necessário fazer nada nos arquivos de configuração e nenhum argumento da linha de comandos para o comando eclipse (durante o início do eclipse).
Tudo o que precisa ser feito é o seguinte: defina o proxy para o modo manual e defina apenas os valores HTTP e HTTPS para o proxy. Certifique-se de manter o proxy SOCKS vazio.
Isso resolveu o problema para mim!