Você deseja o sinalizador --exclude
. Por exemplo, um rsync local:
rsync -a --exclude cache/ src_folder/ target_folder/
É realmente simples assim: essa regra de exclusão corresponderá a um diretório chamado "cache" em qualquer lugar da sua árvore.
Para mais informações, procure por "--exclude" e a seção "FILTER RULES" na página man do rsync: