Há uma porta do AutoHotKey para o Linux chamada IronAHK e uma ferramenta semelhante chamada Autokey . Eu também não usei, não sei o quão bem eles funcionam.
Além desses programas, você não encontrará exatamente o mesmo tipo de ferramentas de automação. A ferramenta básica de automação do usuário em sistemas unix é o shell. O shell é a cola que combina outras ferramentas: pode iniciar programas externos e controlar como eles trocam dados. O shell em si não inclui nada para manipular conceitos de GUI, como janelas e o ponteiro do mouse¹. O que você faz é chamar ferramentas especializadas em um script de shell, em particular xdotool para manipular janelas e insira pressionamentos de teclas e mudar eventos .
Por exemplo, o script a seguir clica na posição (40,20) na janela do Myapp.
#!/bin/sh
xdotool search --class Myapp \
mousemove --window %1 40 20 \
click 1
¹ Exceto para dtksh , mas eu ve nunca vi uma porta Linux dele.