A maneira correta é:
./configure CFLAGS="-I/usr/local/include" LDFLAGS="-L/usr/local/lib"
mas isso pode não funcionar com todos os scripts configure . Provavelmente é melhor definir variáveis de ambiente, como CPATH e LIBRARY_PATH (consulte gcc man page).
Um exemplo:
export CPATH=/usr/local/include
export LIBRARY_PATH=/usr/local/lib
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/lib
no seu .profile , por exemplo. O LD_LIBRARY_PATH pode ser necessário no caso de bibliotecas compartilhadas, se um caminho de execução não for usado (isso depende do sistema operacional, das ferramentas de construção e das opções que são usadas, mas isso não deve prejudicar).