Como esta pergunta tem muitas respostas diferentes, a lista a seguir deve combinar as sugestões em uma lista abrangente:
Na maioria das circunstâncias, você deseja fazer backup deles:
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/home/ para dados do usuário e configuração.
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/etc/ para arquivos de configuração do sistema.
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/var/ contém uma mistura de diretórios que você normalmente deseja fazer backup e aqueles que você não deseja fazer backup. Veja abaixo uma explicação mais detalhada.
Mais alguns diretórios a serem considerados são:
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/usr/local/ pacotes instalados manualmente (ou seja, não instalados através do apt) são instalados aqui. Se você tem pacotes instalados aqui, você pode querer fazer o backup de todo o diretório, assim você não precisa reinstalá-los. Se os pacotes em si não forem importantes para você, será suficiente fazer o backup de /usr/local/etc/ e /usr/local/src/ .
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/opt/ se você não armazenou nada aqui, não precisa fazer o backup. Se você armazenou algo aqui, você está na melhor posição para decidir se deseja fazer o backup.
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/srv/ muito parecido com /opt/ , mas é, por convenção, mais provável que contenha dados que você realmente deseja fazer backup.
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/root/ armazena a configuração para o usuário root. Se isso é importante para você, você deve fazer o backup.
/ var /
/var/ contém muitos arquivos que você deseja fazer backup na maioria das circunstâncias, mas também alguns que não deseja fazer backup.
Você provavelmente deseja fazer backup deles:
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/var/lib/ este diretório contém muitos dados que você deseja manter, mas também alguns que você não pode. Fazer o backup completo deixa você no lado seguro (mas a restauração do backup em hardware diferente pode causar problemas).
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/var/mail/ você normalmente deseja fazer backup de e-mails locais.
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/var/www/ se a sua raiz da web está localizada aqui e este é o único lugar onde seu conteúdo da web está armazenado, você deseja fazer o backup.
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/var/games/ você pode querer fazer backup deles, se os dados do jogo em todo o sistema forem importantes o suficiente para você (não são muitos os jogos que usam esse armazenamento).
Você provavelmente não deseja fazer backup deles:
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/var/backups/ contém alguns arquivos que são copiados automaticamente pelo Debian, você provavelmente não quer fazer o backup deles.
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/var/cache/ ao contrário do nome, alguns conteúdos deste diretório são importantes, portanto verifique cada subdiretório individualmente, como regra geral, tudo que você coloca aqui é importante. Você também pode querer fazer o backup de /var/cache/debconf/ .
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Geralmente,
/var/lock/ bloqueios (sempre) não precisam de backup.
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/var/run/ contém dados que são importantes apenas para o seu sistema em execução, ou seja, quando você encerra seu sistema, ele não será mais necessário.
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/var/spool/ normalmente dados importantes não devem ser armazenados aqui, mas você pode querer verificar.
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/var/spool/cron/crontabs/ pode conter muitos comandos ou um cronograma complexo, mesmo com dependências em outros sistemas, que levou um esforço considerável para montar.
Você precisa se decidir sobre isso:
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/var/local/ você normalmente sabe se você armazenou algo aqui e se você quer em um backup ou não.
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/var/opt/ ver /var/local/ ou melhor verificar se algo importante está armazenado aqui.
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/var/log/ depende se seus logs são importantes para você e se você tem espaço suficiente para armazená-los (eles podem ocupar muito espaço de backup ao longo do tempo).