Assumindo que sua GUI é baseada em X (como quase todas as GUIs do UNIX são), use xinput
.
Primeiro, liste seus dispositivos:
$ xinput --list
⎡ Virtual core pointer id=2 [master pointer (3)]
⎜ ↳ Virtual core XTEST pointer id=4 [slave pointer (2)]
⎜ ↳ Windows mouse id=6 [slave pointer (2)]
⎣ Virtual core keyboard id=3 [master keyboard (2)]
↳ Virtual core XTEST keyboard id=5 [slave keyboard (3)]
↳ Windows keyboard id=7 [slave keyboard (3)]
Relacione os detalhes do seu mouse (id = 6 em nosso exemplo):
$ xinput --list-props 6
Device 'Windows mouse':
Device Enabled (112): 1
Coordinate Transformation Matrix (114): 1.000000, 0.000000, 0.000000, 0.000000, 1.000000, 0.000000, 0.000000, 0.000000, 1.000000
Device Accel Profile (222): 0
Device Accel Constant Deceleration (223): 1.000000
Device Accel Adaptive Deceleration (224): 1.000000
Device Accel Velocity Scaling (225): 10.000000
Agora desabilite:
$ export DISPLAY=:0
$ xinput set-int-prop 6 "Device Enabled" 8 0
Para ativar:
$ xinput set-int-prop 6 "Device Enabled" 8 1
O mesmo vale para o teclado, apenas substitua o número int-prop pelo id apropriado.
Testado e trabalhado no cygwin.
É claro que você precisa planejar antecipadamente como vai ativar seus dispositivos novamente. como agendar no cron, reativá-lo remotamente ou desativar apenas um deles em primeiro lugar.