Uma solução que normalmente funciona é usar pdfjam
da distribuição texlive
> pdfinfo in.pdf
...
Producer: Acrobat Distiller 6.0.1 (Windows)
...
Page size: 612 x 792 pts (letter)
Page rot: 0
File size: 66676 bytes
Optimized: yes
PDF version: 1.4
> pdfjam --outfile out.pdf --paper a4paper in.pdf
> pdfinfo out.pdf
Creator: TeX
Producer: pdfTeX-1.40.15
...
Page size: 595.276 x 841.89 pts (A4)
Page rot: 0
File size: 53963 bytes
Optimized: no
PDF version: 1.5
Definir o tamanho do papel para algo não convencional funciona com outro switch, como --papersize '{6.125in,9.250in}'
.
Como você pode ver aqui, ele também alterou a versão em PDF e removeu / modificou outras propriedades do PDF, então você precisa verificar se é adequado para sua tarefa.