Use a ferramenta PSCP na página de download de massa:
PSCP é a versão putty do scp que é um comando cp (copy) sobre ssh.
O PSCP precisa ser instalado em seu computador Windows (acabou de ser baixado, na verdade, não há processo de instalação. Na seção Arquivos Compactados, o pscp.exe já está incluído). Nada precisa ser instalado nos servidores da escola. PSCP e scp usam o ssh para se conectar.
Para responder à pergunta de uso dos comentários:
Para fazer o upload do seu computador para um servidor remoto:
c:\pscp c:\some\path\to\a\file.txt user@remote:\home\user\some\path
Isso fará o upload do arquivo file.txt para o diretório especificado no servidor. Se a parte final do caminho de destino NÃO for um diretório, será o novo nome do arquivo. Você também pode fazer isso para enviar o arquivo com um nome diferente:
c:\pscp c:\some\path\to\a\file.txt user@remote:\home\user\some\path\newname.txt
Para baixar um arquivo de um servidor remoto para o seu computador:
c:\pscp user@remote:\home\user\some\file.txt c:\some\path\to\a\
ou
c:\pscp user@remote:\home\user\some\file.txt c:\some\path\to\a\newfile.txt
ou
c:\pscp user@remote:\home\user\some\file.txt .
Com um ponto solitário no final. Isso fará o download do arquivo especificado para o diretório atual.
Como o comentário está muito abaixo, eu também devo salientar aqui que o WinSCP existe fornecendo uma GUI para tudo isso, se isso for de interesse: link