Tente definir:
bind c new-window -c "#{pane_current_path}"
No meu caso, novos painéis falharam também para iniciar no diretório atual. Adicionar -c "#{pane_current_path}"
às ligações split-window
corrigiu isso. Exemplo:
bind c new-window -c "#{pane_current_path}"
bind | split-window -h -c "#{pane_current_path}"
bind - split-window -v -c "#{pane_current_path}"
Eu encontrei o truque pane_current_path
aqui . Ele também está documentado no autor CHANGES
.