De acordo com o Linux FHS , /usr é o local onde a distribuição é baseada itens são colocados e /usr/local é o local onde você colocaria suas próprias alterações localizadas ( /usr/local estará vazio após uma instalação básica). Então, por exemplo, se você quisesse recompilar um pacote do Ubuntu a partir do código-fonte, o gerenciador de pacotes colocaria a origem do pacote em /usr/src/{package dir} . Se você baixou um programa não gerenciado pela sua distribuição e queria compilá-lo / instalá-lo, o FHS determina que você faça isso em /usr/local/src .
EDIT: Resposta curta, sim, coloque seu código em /usr/local/src .