gzip armazena alguns dos metadados do arquivo original no cabeçalho do registro, incluindo o tempo de modificação do arquivo e o nome do arquivo, se disponível. Veja especificação do formato de arquivo GZIP .
Portanto, espera-se que seus dois arquivos gzip não sejam idênticos. Você pode contornar isso passando gzip o -n flag, o que impede que ele inclua o nome do arquivo original e o registro de data e hora no cabeçalho.