Isso não é necessariamente específico para Unix / Linux, então é melhor perguntar isso no Stack Overflow. Nunca, o QtCreator geralmente é bom em detectar instalações alternativas do Qt, basta criar um novo projeto e olhar sob a aba Projects à esquerda. Você pode definir diferentes configurações de compilação lá. Deve haver uma caixa suspensa para selecionar entre as várias versões instaladas para cada configuração.
Caso contrário, parece que a variável de ambiente QTDIR é usada para definir a versão do Qt. Por padrão QtCreator define isso para /usr/share/qt4 para mim, então configurá-lo para o caminho equivalente (ou seja, aquele em que os arquivos de configuração são) deve fazer qmake construir com uma versão diferente. Você poderia testar com algo como:
QTDIR=/usr/share/qtX qmake --version
Também pode ser possível definir isso no arquivo .pro , mas se for, ele não está documentado (como em muitas variáveis qmake ).
Além disso, se você deseja criar com uma versão principal específica, qmake geralmente é apenas vinculado a um binário para a versão principal padrão. Os binários reais são qmake-qt4 , qmake-qt5 etc. Veja também man qtchooser e os qtX-default packages nos sistemas baseados em Debian.
Atualizar
Existe um bug com qtchooser no Ubuntu 13.04 e 13.10 que parece afetar a forma como os aplicativos Qt detectam diferentes versões do Qt, veja link . Isso pode afetar o QtCreator também.